jQuery.js と prototype.js の共存

noConflict() で $() の競合を回避すれば良いみたいです。

沢山の方が blog で書いていますが jquery を使っている JavaScript
(以下の場合 depend_on_jquery.js) の $() を jQuery() にしたら解決しました。

<script src="js/prototype.js" type="text/javascript"></script>
 
<script src="js/jquery.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript"><!--
    jQuery.noConflict();
// --></script>
<script src="js/depend_on_jquery.js" type="text/javascript"></script>